Wraz z rozwojem organizacji zmienia się nie tylko liczba tworzonych dokumentów, niemniej jednak też sposób, w jaki są one wykorzystywane. Materiały przygotowane na potrzeby jednego działu mogą po pewnym czasie stać się częścią innego procesu, np sprawdzeniu rozliczeń, obsługi reklamacji albo przygotowania umowy. Jeżeli już dokumenty są przechowywane bez wspólnych zasad, odtworzenie ich historii wymaga przeszukiwania wielu folderów, skrzynek pocztowych i archiwów papierowych.
Program do zarządzania dokumentami może porządkować takie zasoby poprzez przypisywanie im określonych kategorii, oznaczeń i powiązań z konkretnymi sprawami. Przy organizacji repozytorium istotne jest natomiast uwzględnienie sposobu, w jaki dokumenty są de fakto wykorzystywane. Podział oparty jedynie na strukturze działów nie za każdym razem odpowiada przebiegowi pracy, ponieważ jedna sprawa może angażować kilka zespołów. W takim wypadku przydatne staje się szukanie według różnych kryteriów, takich jak numer umowy, data, rodzaj dokumentu czy identyfikator projektu. Należy przy tym pamiętać, że jakość wyników uzależniony jest od poprawności wprowadzonych danych. Wręcz rozbudowane funkcje wyszukiwania nie pomogą, jeśli dokument został prezentowany błędnie lub nie przypisano go do właściwej sprawy.
Ważnym elementem pracy z dokumentacją jest zobowiązanie, kiedy plik pozostaje materiałem roboczym, a kiedy staje się dokumentem przeznaczonym do dalszego użycia albo przechowywania. Różnica ta ma znaczenie w głównej mierze przy projektach, w których powstaje wiele wersji tego samego opracowania. Wstępny szkic może zawierać sugestie, które nie powinny odnaleźć się w wersji przekazanej do realizacji, a dokument zatwierdzony może wymagać zachowania bez późniejszych przeróbek. Kontrolowanie dokumentami i archiwizacja obejmują zatem także określenie statusów, sposobu zatwierdzania treści a także zasad przechowywania wcześniejszych wersji. W praktyce warto rozstrzygnąć, czy poprawki są nanoszone bezpośrednio w pliku, czy też każda kolejna wersja jest zapisywana oddzielnie. Pierwsze rozwiązanie może utrudniać odtworzenie wcześniejszego brzmienia dokumentu, jednakże drugie prowadzi do powstawania wielu kopii, jeżeli nie ma jasnych reguł ich oznaczania. Znaczenie ma też zobowiązanie, kto może zatwierdzić konwersję i w jaki sposób informacja o niej trafia do pozostałych osób. Przy dokumentach związanych z rozliczeniami, zobowiązaniami lub decyzjami formalnymi brak takiej sprawdzeniu może prowadzić do korzystania z nieaktualnych danych. Sam zapis historii przemian nie zastępuje jednak procedury określającej, która wersja jest wiążąca.
Przy kształtowaniu elektronicznego archiwum trzeba uwzględnić też dokumenty, które nie powstały w postaci cyfrowej. Starsze umowy, formularze, protokoły i korespondencja mogą być dostępne wyłącznie na papierze, dlatego ich przeniesienie do systemu wymaga przygotowania a także kontroli. Przed skanowaniem warto ustalić kolejność stron, sprawdzić kompletność załączników i oddzielić dokumenty, których nie powinno się łączyć w jeden plik. Pomyłka na tym etapie może utrudnić późniejsze odtworzenie zawartości teczki. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może przechowywać zeskanowane materiały wraz z opisami i umożliwiać ich szukanie, jednakże skuteczność tego procesu uzależniony jest od jakości skanów a także sposobu indeksowania. Rozpoznawanie tekstu umożliwia przeszukiwać tekst wielu dokumentów, niemniej jednak nie za każdym razem poprawnie odczytuje niewyraźne fragmenty, pieczęcie czy odręczne dopiski. Dlatego w sytuacji dokumentów o istotnym znaczeniu potrzebna jest kontrola zgodności pliku z oryginałem. Trzeba także określić, czy papierowy egzemplarz będzie nadal przechowywany i kto odpowiada za jego lokalizację. Digitalizacja nie oznacza samoczynnie, że oryginał można zaprzepaścić. Decyzja w tej sprawie powinna uwzględniać rodzaj dokumentu, obowiązujące przepisy a także przyjęte zasady postępowania z dokumentacją.
Na sposób przechowywania plików wpływoraz zmienność warunków organizacyjnych i technicznych. Zespół może przemienić strukturę, pracownik odpowiedzialny za określone sprawy może zakończyć współpracę, a wykorzystywane narzędzia mogą zostać zastąpione innymi. Archiwum powinno zatem uwzględniać sposobność przekazania odpowiedzialności bez utraty informacji o wcześniejszych działaniach. Ważne jest określenie uprawnień do odczytu, edycji, pobierania i usuwania plików, oraz zasad ich udostępniania osobom spoza organizacji. W przypadku danych osobowych i dokumentacji poufnej zakres dostępu powinien odpowiadać konkretnym obowiązkom użytkowników. Osobnym zagadnieniem pozostają okresy przechowywania. Niektóre dokumenty muszą być zachowane przez czas dany przepisami, inne mogą wymagać dłuższego przechowywania ze względu na trwające sprawy lub spory. Z tego powodu procedura archiwizacji powinna określać, kto testuje terminy i zatwierdza usunięcie materiałów. Znaczenie ma również sposób wykonywania kopii zapasowych a także sprawdzania, czy można odzyskać zapisane dane. Kopia, której nigdy nie testowano, nie daje pewności, że wszystkie pliki będzie można odtworzyć po awarii. Przy długotrwałym przechowywaniu należy dodatkowo kontrolować dostępność formatów i sposobność otwierania dokumentów na obecnie używanych urządzeniach, ponieważ sama obecność pliku w archiwum nie przesądza o tym, że jego treść pozostanie czytelna.
Więcej: rejestracja czasu pracy pracownika.